登録ウェブサイト OneDep、SMSDepとADIT-NMRの違い

NMR実験データと立体構造データをデータベースに登録するとき、 研究対象の生体高分子の長さや構造データの有無によって、利用する登録ウェブサイトが異なります。 以下の表をご参考ください。

登録ウェブサイト
生体高分子の長さ、構造データの有無
登録データベース
SMSDep
23残基以下のタンパク質
3塩基以下の核酸
3つ以下の糖からなる糖鎖
構造データ:必要
実験データ:BMRB
構造データ:BMRB
OneDep
上記より大きいタンパク質
核酸、糖鎖
構造データ:必要
実験データ:BMRB
構造データ:PDB
ADIT-NMR(BMRB Only)
制限なし
構造データ:なし
実験データ:BMRB

PDBによる低分子量生体分子の受け入れ

PDBのポリシーがアップデートされ、低分子量の立体構造データもOneDepを通してPDBでも受け入れることが可能と なりました。
対象は生物学に関連するものとなっています。
PDBへ登録を希望される方は、SMSDepで登録をする前に一度PDBjの問い合わせ画面にてご相談下さい。

What types of structure can be deposited to the PDB?

Biomolecular polymers including polypeptides, polynucleotides, polysaccharides, and their complexes that meet the following criteria are accepted:

Crystal structures of peptides with fewer than 24 residues within any polymer chain that do not meet criteria 1, 2, or 3 can be deposited at the Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC, http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd/deposit/).

NMR structures of such molecules can be submitted to Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB) through the Small Molecule Structure Deposition (SMSDep, http://smsdep.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-adit/) system.

Smaller oligonucleotides (dinucleotides and trinucleotides) can be deposited at the Nucleic Acid Database (NDB, http://ndbserver.rutgers.edu).

Molecules that do not conform to these guidelines but have been previously deposited in the PDB will not be removed.

ポリシーについて

SMS登録一覧