BMRBデータベース活用ツール:

BMRBxTool

BMRBoTool

BMRBoToolは、NMR-STARデータをRDFフォーマットの文書(BMRB/RDF)に変換するツールです、またこのツールはBMRB/RDFのオントロジーをOWL(BMRB/OWL)で記述します。 RDFとOWLは共に、ウェブ上におけるデータ交換モデルを構成する標準フォーマットです。

BMRBoToolは、BMRBxToolと組み合わせて動作するように設計されています。BMRBxToolは、妥当性検証されたBMRB/XML文書を生成します。

インストール、使用方法についてはREADMEファイルをご参照下さい。

BMRB/XML & BMRB/RDF Data Server

PDBj-BMRB Data Server has opened for publishing BMRB/XML and BMRB/RDF.
Available web services are as follows:

Generated BMRB/RDF documents

BMRB/RDF archival data is available from the server.

SCM site in software development

References

  1. Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Linvy, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, Toshimichi Fujiwara, J. Biomed. Semantics, 7(1), 16 (2016).
  2. Akira R. Kinjo, Hirofumi Suzuki, Reiko Yamashita, Yasuyo Ikegawa, Takahiro Kudou, Reiko Igarashi, Yumiko Kengaku, Hasumi Cho, Daron M. Standley, Atsushi Nakagawa, Haruki Nakamura, Nucleic Acids Research, 40, D453-D460 (2012).
  3. Eldon L. Ulrich, Hideo Akutsu, Jurgen F. Doreleijers, Yoko Harano, Yannis E. Ioannidis, Jundong Lin, Miron Livny, Steve Mading, Dimitri Maziuk, Zachary Miller, Eiichi Nakatani, Christopher F. Schulte, David E. Tolmie, R. Kent Wenger, Hongyang Yao, John L. Markley, Nucleic Acids Research, 36, D402-D408 (2008).
  4. John Wesbrook, Nobutoshi Ito, Haruki Nakamura, Kim Henrick, Helen M. Berman, Bioinformatics, 21(7), 988-992 (2005).