BMRBデータベース活用ツール:

BMRBxTool

BMRBoTool

BMRBxToolは、BMRBで公開されているNMR-STARデータをXMLフォーマット(BMRB/XML)に変換するためのツールです。 このツールで使用するXMLスキーマ(BMRB/XML Schema)は、RCSB PDBから提供されているmmCIF Dictionary Suiteを用いて、最新のNMR-STARディクショナリを変換して作成しています。

BMRBxToolは、NMR-STARデータ中の誤りを自動的に修正し、XMLスキーマによる妥当性検証されたXML文書を作成します。 また、スキーマに違反したエントリについて、その詳細をユーザーに報告します。 このツールに含まれるスクリプトを使用することで、新しく公開されたエントリや修正が行われたエントリのXML文書を更新することが可能です。

インストール、使用方法についてはREADMEファイルをご参照下さい。

BMRB/XML & BMRB/RDF Data Server

PDBj-BMRB Data Server has opened for publishing BMRB/XML and BMRB/RDF.
Available web services are as follows:

Validated BMRB/XML documents

BMRB/XML archival data is available from the server.

SCM site in software development

References

  1. Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Eldon L. Ulrich, Akira R. Kinjo, Takeshi Iwata, Yannis E. Ioannidis, Miron Linvy, John L. Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima, Toshimichi Fujiwara, J. Biomed. Semantics, 7(1), 16 (2016).
  2. Eldon L. Ulrich, Hideo Akutsu, Jurgen F. Doreleijers, Yoko Harano, Yannis E. Ioannidis, Jundong Lin, Miron Livny, Steve Mading, Dimitri Maziuk, Zachary Miller, Eiichi Nakatani, Christopher F. Schulte, David E. Tolmie, R. Kent Wenger, Hongyang Yao, John L. Markley, Nucleic Acids Research, 36, D402-D408 (2008).
  3. John Wesbrook, Nobutoshi Ito, Haruki Nakamura, Kim Henrick, Helen M. Berman, Bioinformatics, 21(7), 988-992 (2005).