よくあるお問い合わせ

1.BMRBデータの内容・登録について

1-1 初めて登録をするのですが、どうしたらいいですか。

データ登録に関する流れをまとめたデータ登録の手引きを御覧ください。
「提出するファイル」や「ADIT-NMR 入力項目についての解説」など登録を行うに必要な情報の解説をしています。

* 登録を始める前に:登録の際に、留意していただきたい事項
* 登録の流れについて:登録から公開までのフローチャート
* 入力項目と記入例:実際に入力する項目の一覧表

1-2 ADIT-NMRの操作方法を知りたい。
データ登録の手引きに載せている以下の資料を参照して頂けます。
* ADIT-NMRの使い方 1 -データの登録や更新-
* ADIT-NMRの使い方 2 -入力画面やボタンの説明-
1-3 NMR-STARフォーマットについて詳しく知りたい。
NMR-STARフォーマットは、下記のような構成になっています。
ADIT-NMRの登録サイトでは、Tag categories=入力項目(赤字は必須項目)について記述していただきます。

#############################################
# Molecular system (assembly) description # -->Supergroups
#############################################
save_assembly -->Saveframe categories
_Assembly.Sf_category assembly -->Tag categories
_Assembly.Sf_framecode assembly

NMR-STAR Formatに、各カテゴリの説明があります。ご参照ください。
* Supergroups
* Saveframe categories
* Tag categories (tables)
1-4 NMR構造データは既にPDB登録済みで、その構造を得るために行ったNMR実験データをBMRBに登録したい。

A1.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判る場合:
1. ADIT-NMRの「Continue Previous Session」にRestart IDを指定して「CONTINUE SESSION」ボタンを押してください。
当時の続きから入力作業を続けられます。
2.「View Mode」をBMRBに切り替えて、NMR実験データファイルと補足項目を入力してください。
3.「Deposit To BMRB」ボタンを押して登録してください。

A2.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判らない場合:
1. ADIT-NMRの「New ADIT-NMR Session」の「BEGIN」ボタンを押して新Sessionを開始してください。
2.「Data File Upload Form」に既存PDB登録のmmCIFファイルをアップロードしてください。
アップロードファイルの内容が入力項目に反映されます。
3. NMR実験データファイルと補足項目を入力してください。
4.「Deposit To BMRB」ボタンを押して登録してください。新しいIDが発行されます。

1-5 NMR実験データは既にBMRB登録済みで、その実験から得たNMR構造データをPDBに登録したい。

A1.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判る場合:
1. ADIT-NMRの「Continue Previous Session」にRestart IDを指定して「CONTINUE SESSION」ボタンを押してください。
当時の続きから入力作業を続けられます。
2.「View Mode」をPDBに切り替えて、NMR実験データファイルと補足項目を入力してください。
3.「Deposit To PDB」ボタンを押して登録してください。

A2.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判らない場合:
1. ADIT-NMRの「New ADIT-NMR Session」の「BEGIN」ボタンを押して新Sessionを開始してください。
2.「Data File Upload Form」に既存BMRB登録のNMR-STAR(Ver.3)ファイルをアップロードしてください。
アップロードファイルの内容が入力項目に反映されます。
3. NMR実験データファイルと補足項目を入力してください。
4.「Deposit To PDB」ボタンを押して登録してください。新しいIDが発行されます。

1-6 既存BMRB・PDB登録を利用して、新しいNMRデータを登録したい。

A1.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判る場合:
1. ADIT-NMRの「New Session Copied From Previous Deposition」にRestart IDを指定して「NEW SESSION」ボタンを押してください。
当時の続きから入力作業を続けられます。
2. 新しいNMRデータファイルをアップロードし、入力内容を確認して修正したい項目を再入力してください。
3.「Deposit To BMRB/PDB」ボタンを押して登録してください。

A2.登録時のADIT-NMR Session Restart IDが判らない場合:
1. ADIT-NMRの「New ADIT-NMR Session」の「BEGIN」ボタンを押して新Sessionを開始してください。
2.「Data File Upload Form」に既存BMRB/PDB登録のNMR-STAR(Ver.3)/mmCIFファイルをアップロードしてください。
アップロードファイルの内容が入力項目に反映されます。
3. 新しいNMRデータファイルをアップロードし、入力内容を確認して修正したい項目を再入力してください。
4.「Deposit To BMRB/PDB」ボタンを押して登録してください。新しいIDが発行されます。

1-7 既存BMRB登録の内容を修正したい。
ADIT-NMR上では、既存登録の内容の修正は出来ません。
本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブより、登録番号・修正点を明記の上ご連絡ください。
1-8 既存PDB登録の内容を修正したい。
PDBの問い合わせ画面で、メールの件名に「RCSB/PDB ID」を明記の上、修正点をご連絡ください。

2.データの公開・検索サービスについて

2-1 登録データの公開時期はどのように設定できますか。
登録時、ADIT-NMRの入力項目 02. Entry informationの「Release status for NMR experimental data」で、以下の公開時期が設定できます。

NMR実験データファイル、座標および構造因子ファイル
* HOLD FOR PUBLICATION : 論文公開までデータ公開を保留する。ただし最長保留期間は1年。
* RELEASE NOW : 編集作業終了後、直ちに公開する。
* HOLD FOR 4 WEEKS : 登録4週間後までデータ公開を保留する。
* HOLD FOR 8 WEEKS : 登録8週間後までデータ公開を保留する。
* HOLD FOR 6 MONTHS : 登録6ヶ月後までデータ公開を保留する。
* HOLD FOR 1 YEAR : 登録1年後までデータ公開を保留する。

配列情報
* RELEASE NOW : 編集作業終了後、直ちに公開する。
* HOLD FOR RELEASE : データ公開時期まで配列の公開も保留する。

編集作業終了後も、登録時に設定した公開時期に関わらず、いつでも公開を要求できます。
PDBまたは本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブよりご連絡ください
2-2 BMRB登録の処理状況を教えてください。
* Retrieve entry by BMRBで、
「Accession number」例:11497、または「 Deposition code」例:2Y0R4Z7を入力すると、現在の登録状況が表示されます。

以下のウェブページでも登録状況を確認頂けます。
* Entries Received and Being Processed at BMRB : 登録受け取りおよび編集中のBMRB登録一覧
* Entries 'On Hold' at BMRB : 編集が終わり、公開保留中のBMRB登録一覧

2-3 論文に掲載されていたBMRB登録がまだ公開されていません。いつ頃公開されるか判りますか。
本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブより、文献情報をご連絡頂けると助かります。
登録の公開条件を確認した後、BMRB担当者より回答いたします。
2-4 PDB登録を取り下げた(WITHDRAWN)のですが、関連するBMRB登録も取り下げる必要がありますか。

A1.登録者がNMR実験データも取り下げた方がよいと判断した場合は、本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブよりBMRBグループへ取り下げ要求を行ってください。

A2.NMR構造データ修正のために、PDB登録を一旦取り下げ、修正してから新たにPDB登録を行う場合は、
BMRB登録を取り下げる必要はありません。
BMRB登録番号を明記の上、修正点と新規PDB IDを、本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブよりBMRBグループまでご連絡ください。

2-5 他データベースの登録データに関連したNMR実験データを見たいのですが、BMRB登録番号が判りません
* Find BMRB entries by Database IDで、関連するBMRB登録を検索する事ができます。
プルダウンからデータベースを選択、データベースIDを入力して検索して下さい。
(データベース: DBj, EMBL, GenBank, PDB, PIR, PRF, REF, SWISS-PROT)
2-6 実験条件で検索したいのですが可能ですか。
BMRBではいくつかの検索サービスを提供しています。目的に応じてご利用ください。
* NMR Browse : Protein名やpH範囲, 温度範囲で検索
* Chemical Shift Search : 残基から化学シフトを検索
* BMRB FASTA search : Protein、DNA、RNAのSequenceで検索
2-7 固体NMRのデータを検索したいのですが、できますか。
* Solid-state NMR Entriesで、固体NMRのデータ一覧が確認いただけます。

3.化学シフトについて

3-1 NMR実験データから、BMRB登録用の化学シフトを作成するツールはありませんか。
BMRBでは登録支援ツールをいくつか提供しています。目的に応じてご利用ください。

* NMR-STAR template Generator : NMR-STAR形式のテンプレートファイルを作成(参照:化学シフトファイルの作成方法
* STARch file converter : XEASYやSparkyなどが出力する化学シフトファイルをBMRB登録用フォーマットに変換
* Ambiguity code assignment interface : 帰属した化学シフトにデフォルトのAmbiguity codeを割り振る

上記以外のツールもNMR Spectroscopists' Cornerで提供しています。
3-2 化学シフトの帰属に統計値を利用したいのですが、どこで確認できますか。
* BMRB Database Statisticsでご覧いただけます。
3-3 AssemblyとEntityとは何ですか。

BMRBでは、NMR測定試料内の生体高分子全体の事を「assembly」と呼び、その構成要素を「entity」と呼んでいます。
* AssemblyとEntityの概念を参照ください。

(例):entity_1(alpha domain)、entity_2(beta domain)、entity_3(Zinc ion) からなる、
assembly (Zinc finger protein)のNMR測定を行い、entity_1の化学シフトを帰属した。

3-4 Chemical shift referencingはどう記述すればよいですか。
BMRBでは、IUPAC推奨の基準値を利用したNMR測定をお勧めしております。
それぞれの基準の取り方については、化学シフト値の基準についてをご参照ください。
各測定方法に沿った記述については、ADIT-NMRの入力項目 15. Chemical shift referrencesをご参照ください。
3-5 アミノ酸、核酸のNomenclatureはどう記述すればよいですか。
BMRBでは、IUPAC推奨のNomenclatureを採用しております。
記述の仕方については、以下の資料を参照して頂けます。
* Proton nomenclature for proteins and nucleic acids
* BMRB、PDB、X-PLORなどのNomenclature比較表
* Pseudoatom Nomenclatureの記入例
3-6 化学シフトのAmbiguity codeとは何ですか。
BMRBでは、化学シフト値の帰属の曖昧さを7種類に分類し「Ambiguity code」情報として扱っています。
以下の資料をご参照下さい。
* 化学シフトファイルの作成方法 -4. タグの説明-にAmbiguity codeの分類表があります。
* Ambiguity code assignment interface : 帰属した化学シフトにデフォルトのAmbiguity codeを割り振る
3-7 化学シフトデータファイルを作成する際に、最低限必要なタグはどれですか。
化学シフトデータに必要なタグは以下の6つです。
登録の際は、下記の一覧表を参考にして下さい。


loop_
_Atom_chem_shift.Comp_index_ID
_Atom_chem_shift.Comp_ID
_Atom_chem_shift.Atom_ID
_Atom_chem_shift.Val
_Atom_chem_shift.Val_err -->必須項目ではない
_Atom_chem_shift.Ambiguity_code -->必須項目ではない

1   ALA  H 8.19     0.01   1
1 ALA HA  4.26 0.01 1
1 ALA C 177.76 0.1 1
1 ALA CA 53.17 0.1 1
1 ALA N 128.18 0.02 1
2 ARG H 8.29 0.01 1
2 ARG HA 4.29 0.01 1
2 ARG C 176.44 0.1 1
2 ARG CA 56.80 0.1 1
2 ARG N 120.80 0.02 1
stop_

4.トラブルシューティング

4-1 ADIT-NMRのトップページで、「Session Restart ID」「Previous Session's Restart ID」を入力すると「Internal server error」となる。
前回の登録作業から長期間経っている場合、Session Restart IDが無効になっている可能性があります。
Session Restart IDと、もし既存登録の場合はBMRB登録番号・PDB IDを明記し、本サイト左端に表示されている緑のFeedbackタブよりご連絡下さい。
4-2 ADIT-NMRの入力を行い「Deposit To BMRB/PDB」ボタンを押したが、「Your deposition cannot be submitted」と表示されて登録できない。
ADIT-NMR入力画面左側の各項目一覧に、全てチェックマークが表示されているか確認してください。
未完了マークがある場合、ADIT-NMRは登録を受付けられません。 未完了マークのついた項目を入力後、再度「Deposit To BMRB/PDB」ボタンを押してください。

5.その他

5-1 PDB登録に関するよくあるお問い合わせ
PDBjよくあるお問い合わせをご確認下さい。