Validation tools

登録前データの検証ツール

データ検証ソフトウェア (ダウンロード用)

  • LACS 64-bit linux binary (requires Matlab runtime), Matlab source code, and python wrappers
  • Watto 分析、注釈、解析、アーカイブ、および世界中から登録されたNMR実験データを普及させるためのプログラム

Deposit tools

データ変換ツール

  • Convert data file STARchを用いて各種フォーマット(NMRView, PIPP, Sparky, XEASYなど)を、NMR-STAR 3.1へ変換
  • Generate data table 残基配列からNMR-STAR 3.1のテンプレートデータ表を作成
  • Assign ambiguity code Ambiguity codeが正しさをチェック、またAmbiguity codeをNMR-STAR形式で出力
  • NMR resources and services PDBeで利用可能なフォーマット変換サービス
  • Convert NMR-STAR 3.1 table NMR-STAR 3.1のデータを、NMR-STAR 2.1か、他のフォーマット(XEASYやSparkyなど)へ変換

NMRコミュニティより提供されたNMRデータファイル形式への変換ツール

  • tab2bmrb 論文形式とNMR-STAR 2.1の間で化学シフトを変換
  • felix2bmrb FELIX化学シフトをNMR-STAR 2.1へ変換
  • pipp2nmrstar PIPP化学シフトをNMR-STAR 2.1へ変換
  • bmrb2talos BMRBエントリーの化学シフト表を、TALOS+用のファイルへ変換
  • cyana2xplor CYANA形式のファイルを、PLOR/CNS/PDBファイルへ変換

PDBj-BMRB tools

帰属解析ツール

  • NMR Tool Box NMRデータの解析支援ツール
  • SAS_CNS 固体用NMR用化学シフト帰属プログラム
  • Olivia 多次元NMRスペクトルの帰属解析ソフトウェア
  • xyza2pipe 多次元NMRスペクトルの相互変換ツール

データベース活用ツール

  • BMRBxTool NMR-STARデータのXML変換ツール
  • BMRBoTool NMR-STARデータのオントロジー作成ツール
  • BMSxNmrML BMRBメタボロミクスエントリーのためのnmrML変換ツール
  • BMRB Relational DB Snapshot BMRBリレーショナルDBの定期配信サービス
  • xsd2pgschema XMLスキーマに基づいたデータベース複製ツール
  • owl-indexer OWLリテラルの全文検索インデックス作成ツール
  • pdbx-validation 代替wwPDB構造検証情報作成ツール