05. Morecular entity

研究対象の生体高分子は単量体の場合もあれば、多量体タンパク質やタンパク質-RNA複合体、金属タンパク質のような、
複数の分子で構成される生体巨大分子（集合体）の場合があります。
ある生体反応系をNMR試料管の中で再現させた状態で生体高分子のNMRデータを得るかも知れません。

ここではそのような集合体を構成するそれぞれの分子（生体高分子やそれに結合するリガンド、金属イオン等）の
物理的状態や化学結合に関する情報、生体高分子についてはモノマー数や配列、チオール基の状態などを入力します。
リガンドや金属イオンについては、「Ligands, etc.」の項目で記述を行い、ここでは簡単に入力します。

同環境下で同じ種類の構成分子が複数ある場合、それぞれの分子ごとに一度だけ記述します。
ヘテロ多量体などの場合はそれぞれ異なる構成分子であるのでそれぞれ記述してください。

BMRBにおける単量体や複合体、金属結合タンパク等に関する概念や記述方法やについては、
AssemblyとEntityの概念をご参照ください。（英文の説明は、Molecular System)

Morecular entity description
Brief molecule name or acronym (label)
この分子（生体高分子やリガンド、金属）の簡潔な名前を記入します。
この名前には“human”のような有機体の名前や機能や変異に関する語句は含めません。
ホモダイマーであっても両者を区別して記述する必要があるときは、
分子名の後ろに“Chain No.1”、“Chain No.2”のように区別するための文字を付加してください。
[例：Insulin beta chain]
Molecule type
この分子が、生体高分子であるかどうかをプルダウンリストから選択します。
Polymer type
生体高分子の種類を選択します。
Enter the complete polymer sequence (one-letter code)
Include all cloning artifacts, his tags, and disordered residues.
The sequence must represent the complete polymer
as found in the NMR tube.
実際に測定した（NMR試料管内に存在した）生体高分子の残基（塩基）の配列を1文字表記法で記入します。
HISタグなど人為的に配列を付加した場合や、NMRデータを登録しない領域も含めます。
配列の中に非標準モノマーが含まれる場合は、その位置に「X」の文字を記してください。
また、糖鎖の場合は”na”を記入します。
[例：HHHHHHAFGCRESWQAKCLPHNMVIXSDF]
Author sequence numbering (sequence code, residue code)
一般的なゲノムデータベースの定義と異なる命名法によって残基や塩基が記述される場合、
あるいは糖の配列を記述する場合、ここにその文字列と配列番号などを記入することが出来ます。
[例：3,K 3a,S 5,A]、[Glucose- Fructose- …]
Author sequence details
生体高分子の配列に関する特記事項を記入します。
[例：Residues 1-8 represent a non-native affinity tag.
This is the cytoplasmic globular domain of a membrane protein]
Ambiguous conformational states are present
個々の生体高分子が異なる配座状態をとり、これらの混合状態によって特定原子の
NMRピークの分裂が観測された場合、「yes」を選択します。
例えば、プロリン残基環状部分の水素や炭素原子で'cis'と'trans'の立体配座の違いによる
共鳴ピークの分裂が見られたときなど。 また、NMR分光学の時間尺度において複数の安定立体配座が観測された場合も
「yes」を選択して下さい。
Ambiguous residue sites exist
測定に使用した試料中に存在するこの生体高分子が、実質上すべて同じ配列をとるかどうかを示します。
天然有機体からの精製の課程で、例えば残基番号12の位置に「SER」と「THR」の両方が確認され、
それぞれの分離が難しい混合体を測定試料とした場合は「yes」を選択します。
[例：no]
A non-standard monomer is present
生体高分子の配列中に20の標準アミノ酸あるいは5つの標準塩基以外のモノマーが含まれているかどうかを示します。
[例：no]
Non-standard chirality exists in the molecule
生体高分子の配列中にD体アミノ酸やL体の糖など、
生物学上一般的ではない不斉性をもつモノマーが含まれているかどうかを示します。
A non-standard bond exists in the molecule
生体高分子の主鎖にペプチド結合やグリコシド結合以外の非標準的な結合が含まれるかどうかを示します。
Is the molecule paramagnetic
この分子が常磁性体である、あるいはそれを含むかどうかを示します。
What is the state of the thiol groups in the molecule
この分子のチオール基（-SH）の状態について最も適当な語句をプルダウンリストから選択します。
Fragment name
この分子がある生体高分子の断片（一部分）である場合、その一部分の一般名称を入力します。
[例：replicase operator hairpin]
Specific mutation
この分子がある天然生体高分子の変異体である場合、それを特定する名称を記入します。
[例：C280S]
Enzyme commission number
この分子にIUBMB（International Union of Biochemistry and Molecular Biology）によって
EC番号（Enzyme Commission decimal code）が割り振られている場合、それを入力します。
[例：EC 1.12.1.2]　（参照：酵素命名法）
Formula mass
この分子の分子量（ダルトン）を概数値で記入します。
[例：12400]
Other comments
ここで入力した項目に関して、何か特記事項・補足情報があればここに入力します。

この生体高分子の配列データと関係のあるデータベースの登録について記述します。

Accession code for sequence database reference
Sequence database name
配列データが登録されているデータベースの一般名称を入力あるいはプルダウンリストから選択します。
Sequence database entry code
このデータベースによって割り振られる、生体高分子の登録コードを記入します。
[例：P09020]
Molecule name/acronym
その登録における生体高分子の名前あるいは略名を記入します。
[例：Cyt. c]

Molecular entity biological function(s)
Biological function
自然界におけるこの分子が行なう生物学的機能について簡潔に記入します。
[例：electron transport; protease; kinase]

Ambiguous residue sites
Sequence number
生体高分子の配列のある位置において複数の異なるモノマーが存在する場合、その位置を示す配列の番号を記入します。
[例：27]
Residue or chemical compound label
*****